De hollændere, der kom i 1520’erne, fik tillagt et selvstyre i form af et råd i Hollænderbyen (St. Magleby) og Dragør By.
Rådets øverste person, Schouten, var dommer, politimester, skifte- og auktionsforvalter samt overformynder. Schouten blev valgt af byen for livstid og taget i ed af kongen. Schoutstyret varede i ca. 300 år indtil i 1822, hvor det afløstes af et traditionelt sognerådsstyre.
Lodsgården blev bygget i starten af 70’erne. Derfor ville Albert Svendsen – Dragør kommunes første borgmester og tidligere St. Magleby’s borgmester – også have en bebyggelse med et navn, der stammede fra Hollænderbyen.
Opkaldt efter Schouten, kom Schoutgården således til.